AK Parti içinde, bürokrasideki aksaklıkları çözmek amacıyla müsteşarlıkların yeniden faaliyete geçirilmesi tartışılıyor. Bu, Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sistemi'nin bazı unsurlarının eleştirilmesine neden oldu. Özellikle, bürokrasi yapısındaki değişikliklerin yeterince uyumlu olmadığı ve bazı sorunlar doğurduğu ifade ediliyor. Bu kapsamda, bakan yardımcılıklarının sayısının üçten bire indirilmesi de gündemde. Hükümet, Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sistemi'ni sürekli olarak gözden geçiriyor ve aksayan yanlarını tespit etmeye çalışıyor. Ayrıca, 26'dan 16'ya düşürülen bakanlık sayısının yeniden eski haline getirilmesi uzun süredir tartışılıyor, ancak ekonomik şartlar bu değişimi şu an için engelliyor. Birleştirilen bakanlıkların yeniden ayrılmasıyla ilgili hazırlanan çalışmalar ise şimdilik masada bekliyor ve bu düzenlemenin 2025'te gündeme alınması planlanıyor. Sistemin bazı kurulları da eleştiriliyor. Cumhurbaşkanlığı'na bağlı olarak oluşturulan 9 kurul, yerel yönetim politikaları, sağlık ve gıda politikaları gibi alanlarda faaliyet gösteriyor. Ancak, bu kurulların verimsiz olduğu ve sisteme önemli bir katkı sağlamadığı yönünde görüşler bulunuyor. Bu kurulların kaldırılması ya da küçültülmesi de tartışılan konular arasında. AK Parti içindeki bazı görüşler, Cumhurbaşkanlığı Hükümet Sistemi'nde yapılan değişikliklerin aksayan yönlerinin düzeltilmesi gerektiğini, özellikle kaldırılan müsteşarlıkların yeniden getirilmesinin önemli olduğunu savunuyor.